به رغم انتشار بيانيه‌ها، ‌اعلاميه‌ها و جزوات متعدد انجمن حجتيه جهت پاسخگويي به اتهامات وارده نسبت به عملكرد آنان در جريان حوادث ووقايع پيش از پيروزي انقلاب و اوايل استقرار نظام باز هم كماكان حملاتي نسبت به آنان از طريق رسانه‌هاي گروهي و تريبون‌ها و منابر صورت مي‌گرفت.

البته بايد اذعان داشت كه اين جوابيه‌ها آنچنان كه بايد و شايد از بار استدلالي مناسب و محكمي برخوردار نبود مضافا اينكه به هيچ روي اعضاي انجمن قائل به اشتباه يا لغزش در طول دوران فعاليت خود نبودند و صرفا به توجيه رفتار خود با ساواك و توضيح نامناسب بودن شرايط سياسي دوران پيش از پيروزي انقلاب مي‌پرداختند. اساسا و اصولا نيز در مورد رهبري امام بيان شفاف و روشني نداشتند و گرچه در برخي از مواقع به پيروي از ايشان تأكيد مي‌كردند اما اين مسأله جايگاه ويژه و ممتاز امام را در كنار ساير مراجع تقليد روشن نمي‌ساخت. به همين دليل اين شيوه پاسخگويي از ديد منتقدان قانع‌كننده تشخيص داده نشد.

در بين دولتمردان نظام جمهوري اسلامي نيز در مورد نحوه برخورد با اين جريان فكري وحدت رويه وجود نداشت. در حالي كه افرادي نظير شهيد هاشمي‌نژاد، شهيد رجايي و ناطق نوري انتقادهاي تند و تيزي را عليه حجتيه ابراز مي‌داشتند (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي،‌كد 5327) شخصيت‌هايي مثل ابوالقاسم خزعلي از آنان حمايت و در ديدارهاي خود با امام از صلاحيت ديني آنها صحبت كرده واز ايشان مي‌خواستند كه جلوي موج مخالفت‌هايي كه عليه حجتيه برخاسته بود، بگيرند. (عبور از بحران، خاطرات هاشمي رفسنجاني سال60، ص277)

خزعلي در دفاع از انجمن بسيار كوشا بود. او كه به عنوان نماينده امام در اين تشكل معروف بود ودر عين حال در شوراي نگهبان عضويت داشت،‌ انتقادها پيرامون انجمن حجتيه را جوسازي و شايعه پراكني مي‌دانست. اما جنتي همكار او در شورا در يك مقطع با انجمن رويارو مي‌شد. وي در تاريخ 10 آبان 1360 در خطبه‌هاي نماز جمعه قم با طرح سؤالاتي 7گانه پيرامون ولايت فقيه،‌همگامي با نظام جمهوري اسلامي، عملكرد انجمن در سالهاي پيش از پيروزي انقلاب و ... آنان به چالش فراخواند. طرح چنين مباحث خود به دامنه اختلافات افزود و باعث اظهارنظرهاي متفاوت در اين زمينه شد. ضمن اينكه باعث جوابگويي و انتشار اعلاميه‌اي از سوي انجمن حجتيه در اين خصوص شد نارضايتي خاطر برخي از دوستان جنتي را نيز فراهم آورد كه البته برخي از آنان در مقام دفاع از انجمن و برخي ديگر از باب مصلحت‌انديشي به طرح نظريات خود پرداختند. به عنوان نمونه خزعلي كه از مدافعان بود در پاسخ نامه يكي از هوادارن انجمن به نام ارسلان محمدي عنوان كرد: «درباره انجمن اين روزها زياد حرف مي‌زنند و بيشترش حرف زيادي است. جوسازي است و شايعه‌پراكني. مدت 28 ماه از جانب امام نظارت داشتم. يعني تا 12 ماه رمضان اين نظارت بوده. در اين انحرافي نديدم بلكه مقداري سستي‌ها بوده كه تذكر مي‌دادم و برطرف مي‌شد. به تازگي هم از مدرسين حوزه هم يكي براي بررسي گماشته شد. نتيجه تحقيقي ايشان هم همين بوده كه انحرافي نيست. جوابهايي هم كه در روزنامه به سؤال حجت‌الاسلام آقاي جنتي دادند، صاحب‌نظران را راضي كرد. به هر حال به زودي اين ابهام برطرف خواهد شد. شايعه ضد ولايت فقيه، شايعه‌اي برخلاف است. ولايت فقيه را پيش از قانون اساسي اينها گفتند و پيشنهاد كردند ديگران پس از قانون اساسي ياد گرفتند. به هر حال به زودي از جانب مقامات بالا روشن خواهد شد. نگران نباشيد و دستخوش جو و شايعه نشويد. (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي،‌كد 5327)

علاوه بر او ديگر دوستان و همفكرانش نيز خيلي تمايل نداشتند كه بحث انجمن حجتيه به اين شكل و صورت باشد مثلا رفسنجاني از اينكه طرح اين سؤالات به مسأله روز تبديل شد ابراز نارضايتي مي‌كرد. از نظر او اعضاي انجمن افراد مسلمان و معتقد بودند و گرچه در شمار انقلابيون محسوب نمي‌شدند با اين حال نبايد مزاحمت براي آنها پيش مي‌آمد. (خاطرات هاشمي رفسنجاني سال 60، ص 366) وي با اينكه در مصاحبه‌هاي مختلف خود در اين سال بر مخالفت انجمن با مبارزه انقلابي تأكيد مي‌كرد در عين حال در شرايط جديد معتقد بود كه مي‌بايست آنها را تشويق و از توان نيروهايشان استفاده كرد. (مصاحبه‌هاي هاشمي رفسنجاني سال 60، گفت‌وگو با مجله رجعت،‌5/11/60 ص 271 و 272)

او در عين حال از آنها مي‌خواست كه تكليف خود را با مسأله ولايت فقيه روشن كنند و خود را با رهبري امام هماهنگ كنند. با اين وصف رفسنجاني نسبت به اينكه انجمن با توجه به رسوبات فكري گذشته در سطح جامعه به دسته‌بندي دست يازد هشدار داد. (مصاحبه هاشمي رفسنجاني سال 60، گفت‌وگو با نشريه آينده‌سازان، 16 آذر 1360، ص2)

انجمن در حوزه علميه قم نيز طرفداراني داشت به خصوص در بين اعضاي جامعه مدرسين كه به هيچ روي انتقادهاي شديدالحن و برخوردهاي چالشي با آنان را نمي‌پذيرفتند و حتي نسبت به برخي از اين مواجهات نگاهي ترديدآميز و پر ظن و گمان داشتند. راستي كاشي از جمله اين افراد بود. وي كه حكم نمايندگي امام را در سازمان مجاهدين انقلاب اسلامي داشت در مجموع سخنراني‌هاي خود بين اعضاي سازمان بر اين نكته تأكيد مي‌كرد كه شيوه برخورد انتقادي و قهرآميز با اعضاي انجمن به مصلحت نيست. وي در يكي از نشست‌ها به طور مفصل به اين قضيه پرداخت و گفت: اجمالا افرادي كه منصوب به انجمن حجتيه هستند نوعا افرادي هستند كه با مسايل اسلامي آشنا هستند. اعتقادشان صرف نظر از مسايلي كه در ارتباط با انقلاب اسلامي است،‌ محكم و خوب است،‌12 امامي هستند، امام زماني هستند، البته اهل تقليد هستند. اين جهاتشان شبهه‌اي ندارد كه جزو افرادي مذهبي و خوب جامعه ما هستند. البته هميشه در هر جمعي ممكن است چهار ـ پنج نفر ... يك مقدار در حقيقت افراط و تفريط‌هايي داشته باشند. اين را در مورد افراد انجمني مي‌توان به شكلي تعبير كرد منتها عمده مسأله‌اي كه مربوط به آنها است و بايد يك مقداري در اطرافش توجه كرد و اگر شبهه‌اي،‌ نقصي است معلوم بشود و يا رفع شود يا به هر نحوي كه وظيفه است با آنها برخورد شود. سؤال عبارت از اين است كه تشكيلات و اساسنامه و مرامنامه و نظامنامه و برنامه انجمن (برنامه تشكيلاتي‌اش) چيست؟ اين جوي كه به تازگي در مقابل انجمني‌ها به وجود آمد منشأ اين شد كه (البته پيش از اين جو هم به يك مناسبتي خدمت امام بعضي از مسايل گفته شده بود) امام فرمودند: من نماينده‌اي در انجمن ندارم و اينها را تأييد نكرده‌ام. البته اين تغيير هم از جانب امام نبود. كه من اينها را طرد مي‌كنم. مسأله ديگر هم اينكه در مورد وجوه شرعيه امام فرمودند: يادم نيست كه به اينها اجازه داده باشم اما فعلا اجازه نمي‌دهم... البته در طول اين مدت هم نامه‌هايي مي‌آمد كه با انجمن همكاري كنيم يا نه؟ امام جواب نمي‌داده‌اند و ساكت بوده‌اند. ظاهرا در اين اواخر قطعا به اين مسأله رسيديم كه گروه‌هاي غيرمسلمان هم براي اينكه تعضيف كنند انقلاب را احيانا يك تفرقه‌هايي به وجود بياورند... جناب آقاي خزعلي هم مقداري با اينها بود و گفته خدمت امام عرض كردم امام فرموده‌اند كه بمانند و ببينند چطور است. به هر حال يك نحوه نظارت (حالا به چه شكلي كار نداريم) از جانب ايشان بوده و ايشان هم كه با افراد انجمن ارتباط داشته معتقد است،‌افراد مفيدي هستند، متدينند... ايشان يك وقتي آمدند در جلسه جامعه مدرسين و گفتند آنها مقلد هستند براي اسلام و انقلاب و براي جلوگيري از بعضي از انحرافات و لذا بايد اينها را نگه داشت و حفظشان كرد.» راستي كاشاني در ادامه اين مباحث از تشكيل هيأتي متشكل از اعضاي جامعه مدرسين براي رسيدگي به وضعيت انجمن وا نديشيدن راهكاري براي استمرار فعاليت‌هاي آنها خبر داد. (رهنمودهاي نماينده امام، سازمان مجاهدين انقلاب اسلامي، 1362، ص 27 تا 33) هيأتي كه منظور نظر راستي كاشاني بود متشكل از افرادي نظير امامي كاشاني،‌جنتي، طاهري خرم‌آبادي، منيرالدين حسيني شيرازي و خزعلي بود (آرشيون مركز اسناد انقلاب اسلامي كد 5327، اعلاميه احمد شكرزاده عضو انجمن حجتيه خوي)

در جلساتي كه با حضور افراد مورد اشاره تشكيل مي‌شد، موضوعات مهمي مورد بحث و بررسي قرار مي‌گرفت و يكي از مصوبات آن كم شدن قدرت اجرايي شيخ محمود حلبي بود كه اين مسأله مورد پذيرش وي قرار گرفت. (رهنمودهاي نماينده امام در سازمان مجاهدين انقلاب اسلامي،‌ص 32)

در مورد انجمن حجتيه موضع‌گيري رييس‌جمهور وقت آيت‌الله خامنه‌اي نيز جالب توجه است. ايشان در مصاحبه با خبرنگار روزنامه «اطلاعات» در اين‌باره ابراز داشتند:‌انجمن حجتيه به آن عده‌اي گفته مي‌شود كه در طول بيست و چند سال همت خود را مصروف مي‌كردند براي پاسخگويي و مقابله با شبهات بهائي‌ها در ايران. البته مي‌دانيم كه بهائي‌ها بيشتر يك باند سياسي بودند تا يك گروه مذهبي و فكري،‌ اما اين سؤال كه اينها چگونه هستند و اشاره به فرمايشات آقاي جنتي،‌ به نظر من اين سؤال يك سؤال طبيعي و درستي نيست. من بدون اينكه شما را در طرح اين سؤال متهم بكنم، نفس وجود اين مسأله را و عمده كردن مسأله انجمن حجتيه را در جامعه متهم مي‌كنم و كساني را كه براي اولين بار اين شايعه و اين بحران مصنوعي را سعي كردند كه به وجود بياورند ناخالص مي‌دانم. به نظر من در ميان افرادي كه در انجمن حجتيه هستند، عناصري انقلابي، مؤمن، صادق، دلسوز براي انقلاب، مؤمن و به امام و ولايت فقيه و در خدمت كشور و جمهوري اسلامي پيدا مي‌شوند. همچنانكه افرادي منفي،‌ بدبين، كج‌فهم، بي‌اعتقاد و در حال نق زدن و اعتراض هم پيدا مي‌شود. پس انجمن از نقطه‌نظر تفكر سياسي و حركت انقلابي يك طيف وسيعي است و يك دايره محدود نمي‌باشد. بنابراين ما نمي‌توانيم بگوييم كه انجمن نوع اول است يا نوع دوم. زيرا در انجمن هم از نوع اول و هم از نوع دوم كساني هستند و شايد هم از هر دو نوع كسان زيادي وجود دارند و من وقتي كه نگاه مي‌كنم يك چنين حقيقتي را مي‌بينم و از طرف ديگر كه نگاه مي‌كنم مي‌بينم كه سؤال از حال انجمن و اصرار بر رد يا قبول انجمن امروز از سوي گروه‌هايي در جامعه ما دارد اوج مي‌گيرد. احساس مي‌كنم كه اين يك حركت طبيعي نيست و حركتي است كه امروز دارند به وجود مي‌آورند. جناب آقاي جنتي برادر عزيزمان كه بنده براي ايشان احترام زيادي قائلم پس از آن خطبه‌اي كه طي آن راجع به انجمن حجتيه سؤالاتي كردند يك شب پيش من آمدند و من از ايشان سؤال كردم كه چطور شد اين مسأله را مطرح كرديد، ايشان در حالي كه از آنچه كه واقع شده بود،‌ خشنود نبودند گفتند حال كاري است كه صورت گرفته چگونه بايد جبران كنم و من به ايشان پيشنهاد كردم جبرانش به اين صورت است كه شما در نماز جمعه نسبت به كساني كه مي‌خواهند از بيان شما سوءاستفاده كنند و اين مسأله را به صورت يك جريان عظيم دربياورند و آن را در جامعه عمده بكنند و به صورت تضاد اصلي انجمني و ضدانجمني دربياورند، شما اخطار بكنيد و بگوييد كه نظر شما به هيچ وجه اين نبوده كه تضاد اصلي در جامعه ما تضاد انجمني و غيرانجمني است و اگر خود انجمني‌ها در پاسخ سؤالات شما يك حرف قابل قبول و قابل تعريف آوردند، آن را مجددا در نماز جمعه مطرح بكنيد. ايشان قبول داشتند كه اين مصلحت است و بعد هم انجام گرفت. حالا به شكل كافي يا وافي من آن را دقيقا نمي‌دانم اما مي‌دانم كه ايشان از آنچه اتفاق افتاده بود و آنچه فرموده بودند، ‌خشنود نبودند. پس عمل جناب آقاي جنتي به معناي اين نيست كه طرح اين‌گونه مسايل امروز در جامعه ما يك كار به حق و عمل صالح است و من معتقدم كه تضادهاي اصلي ما در جامعه اينها نيست. تضاد اصلي ما تضاد انقلاب يا ضدانقلاب‌هاي جهاني و آنگاه ضدانقلاب‌هاي داخلي است. (روزنامه اطلاعات، 6/11/60)

به رغم گوشزدها و هشدارها برخي از دولتمردان و كارگزاران نظام مبني بر حفظ وحدت و يكپارچگي در صفوف جامعه اسلامي باز هم انجمن حجتيه در عرصه اجتماع و سياست گرفتار پرسش‌هاي فراوان بود و البته از تمام توان خود براي پاسخگويي استفاده مي‌كرد. اين تشكل همواره مي‌كوشيد كه مشروعيت و مقبوليت خود را ثابت كند. از اين روز از حضور ابوالقاسم خزعلي به عنوان نماينده امام نهايت استفاده را برد و اين مسأله را دليل بر رضايت امام خميني از عملكرد اعضاي انجمن مي‌دانست. سلوك و منش و شيوه‌هاي رفتاري خزعلي نيز مؤيد اين نظر بود وي در فرصت‌هاي مقتضي از اقدامات انجمن دفاع كند. ادامه اين روند و بالا گرفتن موج انتقادات عليه انجمن، سبب شد كه امام در نهايت به خزعلي اعلام كردند كه ديگر تمايلي به حضور وي به عنوان نماينده ايشان در انجمن حجتيه ندارند و در عين حال او مختار است كه هر طور كه صلاح مي‌داند در مورد نحوه روابطش با آن تشكل رفتار كند. وي در اين خصوص اعلام كرد: نظر به سازماندهي و گستردگي انجمن حجتيه، امام به من فرمودند كه بر اين گروه نظارت كنم و به ايشان گزارش نمايم. از ايشان درخواست كردم تا حكم كتبي به من بدهند.ايشان گفتند: نيازي به اين مسأله نيست. ولي به علت سوءاستفاده‌هاي بعضي افراد انجمن آن هم در حد فردي نه خود انجمن، اينگونه براي ديگران مطرح مي‌كردند كه بودن اينجانب در انجمن دليل بر تأييد امام بر كل انجمن است. امام هم از 12 رمضان 60 اين نظارت را از من گرفتند. (در شناخت حزب قاعدين زمان، ص 236 و 237)

برخوردهاي انتقادي با انجمن حجتيه در بسياري از موارد تند و تيز بود. به خصوص در عرصه فرهنگي كه باعث انتشار مجموعه كتب و جزواتي عليه انجمن شد. معروفترين اثر فرهنگي در اين زمينه كتاب «در شناحت حزب قاعدين زمان» نوشته عمادالدين باقي بود كه ابتدا به صورت پاورقي و سپس به صورت يك كتاب منتشر شد. يكي از ويژگي‌هاي مهم اين اثر، انتشار مجموعه اسناد و مدارك ساواك در مورد انجمن بود كه براي اولين بار به صورت منسجم منتشر مي‌شد. كتاب مورد اشاره كه مورد استقبال بسياري از مخاطبان قرار گرفت براي انجمن ضربه سنگيني بود كه باعث طرح سؤالات جدي از آنان در سطح جامعه مي‌شد. البته گفتني است كه مؤلف اثر كه بعهدها در شمار يكي از روزنامه‌نگاران مطرح جريان اصلاح‌طلب شد، فضاي فكريش نسبت انجمن تا حدود زيادي تلطيف شد.

از ديگر آثار كتاب «ولايتي‌هاي بي‌ولايت»‌اثر محمدرضا اخگري بود كه وي نيز با يك بررسي تاريخي چگونگي پيدايش،‌نحوه اقدامات و عملكرد و مباني فكري اعضاي انجمن را تشريح كرده بود. سپاه پاسداران انقلاب اسلامي نيز در اين زمينه فعال بود و سلسله جزواتي را در اين باره منتشر مي‌كرد. مطبوعات هم سهمي در اين زمينه داشتند. در مجله «اميد انقلاب» شماره 43 مقاله‌اي تحت عنوان «تحليلي بر انجمن حجتيه» نگاشته شده بود كه به سرعت ناياب شد و مهمترين بحث مطروحه در اين مقاله تقسيم‌بندي مبارزه انجمن حجتيه با بهاييت در سه بعد اقتصادي، سياسي، اعتقادي و فكري بود. حرف اصلي و اساسي نويسنده يا نويسندگان مقاله اين بود كه به لحاظ ارزشي تنها نكته مهم در مسير مبارزه انجمن حجتيه با بهائيت در بعد اعتقادي و فكري خلاصه مي‌شود. غير از اين موارد بايستي از انتشار جزواتي و پخش اعلاميه‌هايي نام برد كه در سراسر كشور توزيع مي‌شد. مثلا مجموعه سه جلدي «ماهيت ضدانقلابي انجمن حجتيه را بهتر بشناسيم» نمونه‌اي از اين موارد است. در اين مجموعه‌ها با ارايه برخي از اسناد و مدارك و معرفي بسياري از چهره‌ها و انتساب آنها به انجمن حجتيه تلاش گسترده براي تضعيف اين جريان فكري صورت مي‌گرفت. به خصوص در جزوه سوم كه به بررسي و معرفي انجمن حجتيه اصفهان پرداخته شده بود. نكته مهم در جزوات مورد اشاره تشريح عملكرد انجمن در بخش‌هاي سياسي، اجتماعي و اقتصادي بود. در مورد انتشاردهندگان اين جزوات اخبار ضد و نقيضي در دست است. اما ظن و گمان اين است كه گروه كشتگر يا فداييان اكثريت منتشركنندگان آن باشند. جزوه «ليبرالهاي خميني‌نما» نيز يكي از اين نمونه‌ها بود كه نويسندگان آن، مبارزه با انجمن حجتيه را مقابله با بقاياي سلطنت و شاهنشاهي مي‌دانستند.

انجمن‌هاي اسلامي و ديگر تشكل‌هاي صنفي و سياسي ديگر منتقدان انجمن حجتيه را شامل مي‌شدند كه هر يك به فراخور موضوعات روز با انتشار اعلاميه‌هايي از ادامه حضور و فعاليت اعضاي انجمن يا هواداران آن در نهادهاي انقلابي انتقاد مي‌كردند. نمونه‌هاي فراواني از اين دست را مي‌توان ذكر كرد. انجمن اسلامي مفلحون،‌انجمن اسلامي شهر حديد، انجمن اسلامي مسجد رضا، برخي از كاركنان جهاد سازندگي شهرستان مرند و انتشار اعلاميه‌‌اي تحت عنوان «عناصر فرصت‌طلب را بشناسيم» در خصوص انجمن حجتيه (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي،‌كد 100 مؤسسه فرهنگي در راه نور)، نامه سرگشاده جمعي از جوانان مسلمان اصفهان و طرح موضوعاتي از قبيل افشاي صريح و بي‌پرده عناصر و جريانات ضدانقلابي بالخصوص انجمن حجتيه و حزب توده،‌جريان كلاهي‌ها و كشميري‌ها و نفوذكنندگان در حزب جمهوري اسلامي (همان منبع، همان كد)، انتشار اعلاميه‌هايي از سوي واحد تبليغات شهيد محمد منتظري كه قسمت اعظم آن در خصوص عملكرد انجمن حجتيه بود. اعلاميه برخي از نابينايان حزب‌اللهي هوادار خط امام خطاب به سيدجلال‌الدين طاهري اصفهاني در خصوص فعاليت‌هاي مؤسسه ابابصير از جمله مؤسسات خدمات‌رساني وابسته به انجمن حجتيه) حزب‌الله شاخه بخش 5 اصفهان و برگزاري سلسله سخنراني‌هايي در نقد عملكرد انجمن در مسجد امام شهرستان اصفهان و صدها نمونه از اين دست كه همه مبين آشتي‌ناپذيري بخشي از جريان انقلابي با استمرار فعاليت اعضاي انجمن حجتيه بود. اين تنازعات بعضا به برخورد فيزيكي نيز مي‌انجاميد كه نمونه بارز آن درگيري روز 7/3/62 مقابل باشگاه وليعصر (قصر يخ) تهران بود. اعضاي انجمن در چنين روزي قصد برگزاري مراسم جشني به مناسبت ميلاد حضرت امام زمان(عج) داشتند كه اين مسأله باعث درگيري بين عده‌اي از نيروهاي مخالف انجمن با اعضاي انجمن شد. (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي، كد 5327) در ديگر شهرستان‌ها نيز درگيري هايي بين نيروهاي موافق و مخالف انجمن رخ داد. مثلا در اواخر سال 60 در سمينار ولايت فقيه در باختران زمينه درگيري فراهم آمد. اقدامات مشابهي در اصفهان و بوشهر و به خصوص سبزوار صورت گرفت. در سبزوار به واسطه حضور و اقدامات علوي امام جمعه اين شهر كه برخي وي را جزو هواداران انجمن حجتيه و برخي ديگر او را ولايتي مي‌دانند اختلاف نظري بين مردم شهر پديد آمد و اين مسأله به درگيري كشيده شد و در 18 آذر ماه 1360 ضرب و جرح عده‌اي از مردم انجاميد. (ولايتي‌ها بي‌ولايت، ص 63)

آنچه كه پيش از همه به موجوديت انجمن ضربه مي‌زد كناره‌گيري و استعفاي برخي از اعضاي آن بود. يكي از ويژگي‌هاي مهم و محوري استمرار فعاليت انجمن تبعيت اعضا از قالب‌هاي مشخص اعتقادي و فكري آن بود. اين مسأله به خصوص در سال‌هاي پيش از پيروزي انقلاب بيشتر نمود داشت. يعني اشخاصي كه تمايل به همكاري و عضويت در انجمن را داشتند طبعا به قيوداتي مي‌بايست تن درمي‌دادند كه به اعتقاد زعماي حجتيه مقيد بودن به آن براي استمرار فعاليت انجمن، حياتي بود. در اين مجموعه، شيخ محمود حلبي كاملا نقش تعيين‌كننده داشت. از برخي افراد به عنوان قائم‌مقام يا عضو شماره 2 و 3 و... در تشكيلات حجتيه نام مي‌بردند. اما واقعيت قضيه اين است كه موجوديت انجمن تنها در وجود شيخ محمود حلبي خلاصه مي‌شد و وي نقش محوري داشت. در چنين مجموعه‌اي طبعا عضويت،‌ الزاماتي را مي‌طلبد. به خصوص اينكه در سالهاي پيش از پيروزي انقلاب سران حجتيه براي ادامه فعاليت، پرداختن به امور فرهنگي و محدود شدن مبارزه صرفا به جريان‌هاي ضدديني نظري بهائيت و كمونيسم را به اعضاي خود تكليف مي‌كردند. از اين روي، حضور برخي از نيروهاي جوان و فعال عضو و همدلي و همگامي آنان با نهضت انقلابي مردم ايران با نارضايتي سران انجمن مواجه مي‌شد. اين مسأله بعدها براي نيروهاي انقلابي عضو انجمن مشكل‌ساز شد و در اواخر رژيم شاهنشاهي، زمينه جدايي برخي از اعضا را از انجمن فراهم آورد. از جمله اين افراد علي‌اكبر پرورش و طيب بودند كه عضويت در انجمن را سالياني چند تجربه كردند و در آستانه انقلاب اسلامي از عضويت در انجمن حجتيه كناره‌گيري كردند. اينان پس از پيروزي انقلاب جزو منتقدان انجمن درآمدند. طيب در سلسله مصاحبه‌هاي خود با روزنامه «صبح آزادگان» ايرادات مختلف را به روند فعاليت جريان حجتيه وارد كرد.

پرورش نيز در اين خصوص سخنراني‌هايي داشت و يكي از سخنراني‌هاي وي توسط دايره سياسي ايدئولوژيك لشكر 77 خراسان تنظيم و تكثير شد. در متن منتشر شده وي به مباحث گوناگون پيرامون فعاليت انجمن از جمله برقراري موازنه بين بهائيت و انجمن حجتيه توسط ساواك پيش از پيروزي انقلاب، گرفتن تعهد براي عدم مداخله در كارهاي سياسي،‌نقل خاطره‌اي از خود پيرامون ملاقاتش با يكي از مسؤولان ساواك تحت عنوان نادري و اعتراض اين مسؤول ساواك به پرورش مبني بر علت استعفا از انجمن حجتيه و همين‌طور به تعامل فكري انجمن حجتيه با جريان انقلابي پس از پيروزي نهضت پرداخت. وي معتقد بود كه پس از انقلاب،‌انجمن ججتيه براي اينكه به فعاليت خود تداوم ببخشد بحث ولايت فقيه را مطرح كرد اما آن چيزي كه تبيين درستي در مورد آن در انجمن حجتيه صورت نمي‌گرفت،‌وجوه افتراق و اشتراك زعيم سياسي و مذهبي بود. وي در عين حالي برخورد تخريبي با انجمن را مورد انتقاد و نسبت به عواقب آن هشدار داد. (آرشيو مركز اسناد انقلاب اسلامي، كد 5327)

يكي از مواردي كه باعث اعتراض منتقدان انجمن مي‌شود، نفوذ و فعاليت اعضاي آن در مراكز و نهادهاي انقلابي به خصوص آموزش و پرورش بود.

واقعيت قضيه اين است كه به رغم بيانات برخي از دولتمردان در مورد استفاده از توان اجرايي و اداري اعضاي انجمن امام با اين موضوع مخالف بود. ايشان معقتد بودند كه افراد مؤثر آنها در مناصب حساس و كليدي نباشد (خاطرات هاشمي سال 61، پس از بحران، ص 146)

با اين همه فعاليت اعضاي انجمن در تهران و شهرستان‌ها زياد بود به خصوص اينكه در بخشهاي مختلف كشور هر كدام حوزه نفوذ داشتند.